Được thành lập vào năm 2003, tiền thân là xưởng thực tập cơ khí cho học viên của trường Trung Học Hàng Giang Trung Ương II tại 33 Khu phố 3, Phường Phú Mỹ, Quận 7,TP.HCM. Bên cạnh việc giảng dạy, xưởng được sử dụng song song với hoạt động thương mại như đóng mới, sửa chữa phương tiện thủy nội địa.
Năm 2006, xưởng đóng tàu chuyển hoạt động về địa chỉ Ấp 2, xã Hướng Thọ Phú, Thành phố Tân An, Long An như hiện nay, và được đặt tên là Xưởng đóng tàu Hàng Giang.
Ngày 7/11/2006, DNTN SX TM DV Thanh Duy Phương chính thức được thành lập và là đơn vị sở hữu và điều hành mọi hoạt động của Xưởng đóng tàu Hàng Giang.
Tháng 7/2010, Xưởng đóng tàu Hàng Giang cùng với Trung Tâm Đào Tạo GTVT Long An và Trung Tâm Tư Vấn và Ứng Dụng Công Nghệ GTVT liên kết đào tạo các lớp chứng chỉ liên quan đến việc vận hành phương tiện đường thủy nội địa phục vụ nhu cầu nhân lực không những cho bản thân doanh nghiệp Thanh Duy Phương và các doanh nghiệp là khách hàng của Thanh Duy Phương mà còn cho các chủ kinh doanh vận tải đường thủy nhỏ lẻ ở những địa phương lận cận.
Tháng 9/2014, Trung Tâm Dạy Nghề Hàng Giang chính thức được thành lập, hoạt động độc lập ngay trong khuôn viên Xưởng đóng tàu Hàng Giang, thực hiện công tác giảng dạy, tổ chức thi và cấp bằng cho các học viên từ khắp mọi miền với chứng chỉ thủy thủ, thợ máy và lái phương tiện, bằng thuyền trưởng và máy trưởng, và các chứng chỉ đặc biệt khác.
Tháng 3/2016, doanh nghiệp Thanh Duy Phương mở rộng quy mô với việc xưởng đóng tàu Hàng Giang 2 chính thức được đưa vào hoạt động tại ấp Bình Hòa, xã Bình Trị Đông, huyện Tân Trụ, Long An. Đây là cột mốc đánh dấu quá trình 10 năm hình thành và phát triển của doanh nghiệp Thanh Duy Phương và đặc biệt hơn là của thương hiệu Xưởng đóng tàu Hàng Giang trong nhận thức của Quý khách hàng.